En la segunda temporada de la historia, denominada en el anime Naruto: Shippūden los personajes son tres años mayores y actúan acorde a esto. Las situaciones revelan una trama mucho más elaborada que no se había entrevisto en la primera parte.

Entre ambas partes han pasado tres años en los que cada uno de los personajes de la anterior etapa ha estado entrenando por el camino elegido: Naruto ha estado con Jiraiya el ermitaño, que le enseña a controlar el chakra de Kyūbi para usarlo a su favor, Sakura con Tsunade, Hokage de la aldea, estudiando medicina, y Sasuke con el renegado Orochimaru gracias al cual quiere ganar la fuerza suficiente para derrotar a su hermano mayor Itachi, que asesinó a todos los demás de su clan.

A la vez entran en escena los miembros de la misteriosa Organización Akatsuki que desea capturar para fines revelados sólo muy avanzada la historia a todos los Bijū, monstruos muy poderosos, uno de los cuales es el que está encerrado en Naruto.