Full Metal Panic! narra la historia de Sousuke Sagara, un joven sargento perteneciente a Mithril, una organización antiterrorista formada por mercenarios que se encarga de mantener la seguridad mundial y defender la paz.

Hace un año que un ovni tripulado por miembros de la especie DearS (una raza extraterrestre con una apariencia humana) realizan un aterrizaje de emergencia en la Tierra. Y desde entonces la vida de Takeya Ikuhara, un típico estudiante de secundaria en Japón, y Neneko Izumi, su amiga de la infancia, se complica por la llegada de Ren y otros DearS a su ciudad.

La historia se centra en el estudiante ,Takumi Nishijoo; de la Secundaria Superior Suimei y como su vida cotidiana es interrumpida por una serie de acontecimientos en los barrios de Shibuya (2 casos de asesinatos) y los medios de comunicación y la policia queda desconcertada entre estos hechos, quienes solo tienen una explicación:"Esto es obra de la New-Generation" quienes fueron incriminados por el 1er incidente de 5 personas muertas, aparentemente suicidio (A este acontecimiento clave se le llamó "Group Dive") y el 2do evento.

Hace 2000 años hubo una cruenta guerra entre el mundo de los humanos y los demonios, guerra que los humanos hubiesen perdido de no ser por Sparda, un demonio que se apiadó de la raza humana, se puso de su parte y derrotó a los demonios encerrando al príncipe demonio que había provocado la guerra en lo más profundo de una cripta sellada. Tras esto, Sparda se fue a vivir con los humanos y se casó con una mujer llamada Eva con la que tuvo dos hijos mitad humanos, mitad demonios. En la tercera entrege se enfrentan. Uno se queda en el mundo de los demonios y el otro vuelve a la tierra. Este hijo, que volvio a la tierra, se hace llamar Dante, tiene la misión de evitar que, transcurridos 2000 años, el príncipe demonio vuelva a levantarse para dominar el mundo.

Dirigida por Hayato Date y producida por los estudios Pierrot, junto a TV Tokyo, la adaptación al anime de Naruto se estrenó en Japón el 3 de octubre de 2002. Con un total de 220 episodios, la primera parte finalizó sus transmisiones el 8 de febrero de 2007.